Die Geschichte des Archäologischen Museum von Kavala beginnt Zeitgleich mit der Geschichte des Archäologischen Instituts in der Region im Jahr 1934 mit der Zuteilung des ersten Antiken Kurators Georgios Bakalakis (1908-1991) in Kavala, der später Professor an der Aristoteles-Universität von Thessaloniki wurde. Er gründete die erste archäologische Sammlung in Kavala, die zunächst im Keller des Gerichtsgebäudes untergebracht war und 1935 in einem neoklassizistischen Gebäude verlegt wurde. Während der Besetzung von Kavala durch die Deutschen und Bulgaren wurde das Museum geplündert und viele Antiquitäten wurden geschmuggelt oder zerstört.
Das Museum wurde 1963-64 von den Architekten D. Fatouros und G. Triantaphyllidis, Professoren der Polytechnischen Schule und der Aristoteles-Universität von Thessaloniki, erbaut. Die Pläne für die Erweiterung des Gebäudes wurden bereits von der Polytechnischen Schule von Thessaloniki unter der Leitung von Prof. D. Fatouros erstellt.
In den letzten Jahren hat das Museum seine vollständigste Form angenommen. Das neben dem Park von Faliro und auf der linken Seite des Hafens erbaute Museum ist eines der wichtigsten in Griechenland.
Unter den Funden, die Aussgestellt sind, gibt es Gegenstände aus Stein und Ton aus der Jungsteinzeit und der Bronzezeit sowie Funde der Siedlung Dikili Tas. Den größten Teil des Museums nimmt die Dauerausstellung „Neapolis – Christoupolis – Kavala“ ein, die der zeit übergreifenden Präsenz der Stadt unter Bezugnahme auf ihre Bauten und Monumente gewidmet ist. Unter den Funden, die Ausgestellt sind, gibt es Gegenstände aus Stein und Ton, archaische und klassische schwarzfigurige Vasen und Figuren. Die Funde aus der antike Amphipolis Erdgeschoss des Museums sind ebenfalls sehr wichtig, darunter eine Marmorbüste einer Frau (4. Jh. v. Chr.), eine Marmorgrabstele einer Ephebe (5. Jh. v. Chr.), ein großer goldener Fingerring und ein goldener Olivenkranz gefunden im makedonischen Grab 1 (3. Jh. v. Chr.), einer kopflosen Marmorstatue einer Frau mit Peplos (1. Jh. v. Chr.) und einer Porträtbüste der römischen Kaiserin Agrippina.
Im ersten Stock findet der Besucher Exponate aus der Region Thrakien, aus Galypsos, Oisyme, den antiken Topeiros und Tragilos, Abdera und Mesembria. Die Exponate reichen von Tonfiguren und Sarkophagen über Münzen makedonischer Könige bis hin zu schwarzfigurigen Waren, einem bemalten Kirchengrab und Metalltöpfen. Eine kykladische Amphore aus dem 7. Jh. v. Chr. und eine rotfigurige Hydria aus dem 4. Jh. v. Chr. sind sehenswert.
Eine wichtige Rolle spielt im Museum die Bezugnahme auf die Göttin Parthenos (Jungfrau), die Schutzgöttin von Neapolis, und auf ihr Heiligtum – das einzige Bauwerk der antiken Stadt, das uns heute bekannt ist. Dabei handelt es sich um einen prächtigen ionischen Tempel aus dem frühen 5. Jh. v. Chr., der aus weißem Marmor von der Insel Thassos erbaut wurde. Im Museum sind architektonische Elemente des Tempels zu sehen, wie zwei Säulen, die in ihrer Originalgröße den Besucher beeindrucken! Die Exponate umfassen unter anderem Skulpturen, Münzen und eine große Sammlung von Gefäßen und Idolen, wobei Letztere zumeist Opfergaben der Gläubigen an die Göttin waren, aber auch einen Miniatur-Marmortempel, der ebenfalls eine Opfergabe im Heiligtum der Göttin Parthenos war.
